Die im Jahr 2008 geschlossene Kooperationsvereinbarung mit der Staatlichen Agraruniversität Moldau (UASM) dient dem Erfahrungsaustausch und Wissenstransfer zwischen Deutschland und Moldau.

Zu den langjährigsten Partnern des MIL gehört seit 2008 die Slavische Universität der Republik Moldau in Chişinău. Im Zuge des Abschlusses der Vereinbarung wurde für die Jahre 2008 und 2009 ein Arbeitsprogramm entwickelt, das größtenteils umgesetzt wurde.

Darüber hinaus profitiert das Institut von einer Reihe von langfristigen Kooperationsvereinbarungen. Der wichtigste Partner des Instituts ist hierbei die Fakultät für Sozialwissenschaften und Philosophie der Universität Leipzig. Bereits im Jahre 2010 vereinbarten Fakultät und Institut die Entwicklung bzw. Durchführung gemeinsamer Projektvorhaben und Veranstaltungen, eine Zusammenarbeit bei der Gewinnung exzellenter Bewerber für die Master- und Promotionsstudiengänge der Fakultät sowie beim Ausbau der Vernetzung mit akademischen Einrichtungen in der Republik Moldau.

Im Jahr 2009 schloss das MIL eine Kooperationsvereinbarung mit der Universität für Medizin und Pharmazie (USMF) „Nicolae Testemiţanu“ Chişinău. Das Abkommen dient der Anbahnung und Durchführung gemeinsamer Forschungsvorhaben ebenso der Mobilitätsförderung moldauischer Studenten und Dozenten der Medizin, vor allem jedoch der Modernisierung der universitären Curricula in Chişinău.

Seit 2011 besteht eine Kooperationsvereinbarung mit der Staatlichen Moldauischen Universität (USM) Chişinău zum Zweck der Entwicklung gemeinsamer Projektvorhaben, der Durchführung gemeinsamer Lehrveranstaltungen, der Förderung der internationalen Mobilität für deutsche und moldauische Hochschullehrer und Studenten, der Anbahnung von Kontakten zwischen akademischen Einrichtungen in beiden Ländern sowie der Unterstützung curricularer Reformen durch Trainingsmaßnahmen im Bereich Medizin.

Im selben Jahr schloss das MIL eine Kooperationsvereinbarung mit der Staatlichen Universität Comrat (USC), Gagausien. Vorgesehen sind die Realisierung gemeinsamer Forschungsprojekte, gemeinsame Veranstaltungen in Forschung und Lehre sowie Angebote zur Weiterbildung moldauischer Studenten und Doktoranden.

Das MIL ist zudem als Beteiligter in der 2014 geschlossenen Vereinbarung über die Zusammenarbeit zwischen der Medizinischen Fakultät der Universität Leipzig und der Moldauischen Staatlichen Universität für Medizin und Pharmazie (USMF) benannt und unterstützt auf dieser Basis die

 1. Organisation gemeinsamer Veranstaltungen, Workshops in Moldova und Leipzig im Kontext der Curricularen Modernisierung, Lehre, Forschung.

2. Durchführung gemeinsamer Sommerschulen in Moldova und Leipzig.

3. Gewinnung exzellenter Bewerber aus Moldova für internationalisierte Promotionsstudiengänge im Bereich Medizin.

4. Konzipierung von Forschungs-und Bildungsprojekten und von Förderanträgen zu deren Finanzierung zu Themen  Curriculare Modernisierung, Lehre, Forschung.

5. Identifizierung von geeigneten Kooperationspartnern in Moldova für Forschungs-und Lehrvorhaben der Medizinischen Fakultät der Universität Leipzig

6. Erarbeitung von Orientierungshilfen für Promotionsstudien moldauischer Doktoranden in Deutschland, Informationsveranstaltungen und andere Maßnahmen.

7. Vermittlung von Kontakten und Hilfe bei der Anbahnung von Kooperationsvorhaben zwischen moldauischen und deutschen Universitäten und Forschungseinrichtungen.

8. Betreuung der moldauischen Mediziner aus der Republik Moldova bei deren Aufenthalt in der LernKlinik Leipzig

Mit dem moldauischen Ministerium für Bildung, Kultur und Wissenschaft verbindet das MIL seit dem Jahr 2017 eine gemeinsame Absichtserklärung zur Vertiefung der Zusammenarbeit in den gemeinsamen Tätigkeitsbereichen, zur Abstimmung gemeinsamer Projekte und Veranstaltungen, über die Herausgabe gemeinsamer Publikationen sowie zur dauerhaften Unterstützung des MIL bei der Durchführung von dessen jährlicher Sommerschule in der Republik Moldau.

Seit 2017 besteht ein Kooperationsvertrag mit der Nationalen Jurij-Fedkovyč-Universität Czernowitz. Die Vereinbarung dient als Grundlage für den Austausch von Lehrkräften und Studenten sowie als Basis für gemeinsame Projektvorhaben, Veranstaltungen und Veröffentlichungen.

Daneben bestehen enge Beziehung auch zur Nationalen Ivan-Franko-Universität Lemberg sowie zu Nicht-Regierungsorganisationen in der Republik Moldau, darunter zum Forumul Moldo-German (FMG) und der Asociația pentru Politica Externǎ (APE),  zu den Nachrichtenplattformen NewsMaker, Gagauzmedia und Bucpress sowie zu den Initiativen zur Verbesserung der Gesundheitsversorgung GagauzMed, Asociatia pentru Reforme Europene in Medicina (AREM), Pas spre Vis und HospiceAngelus.

Insbesondere im Bereich der Nicht-Regierungsorganisationen ist das MIL bestrebt, das bestehende Netzwerk beständig zu erweitern, um zur Etablierung einer beständigen Zivilgesellschaft beizutragen. Angestrebt ist dabei sowohl eine Erweiterung der Beziehungen im Bereich Medien um lokale Vereinigungen sowie im Bereich Medizin um Initiativen, die die bisherigen Schwerpunktbereiche (Prävention, Rehabilitation, Infektionskrankheiten) ergänzen können. Daneben ist das MIL auf der Suche nach Partnern im Bereich Umweltschutz, Antidiskriminierung und EU-Integration.